S05E17: Infection (Nákaza)
Poblíž Atlantidy se objevila wraithská loď, a tak ji Sheppardův tým spolu s týmem maj. Lorna prozkoumává. Plavidlo se zdá být opuštěné, ale když jeden z vojáků zaslechne nějaký hluk, už si tím nikdo není tak jistý. Na lodi se vyskytuje několik divných wraithských válečníků, se kterými se už členové expedice setkali. Sheppard s Lornem musí vymyslet, co udělají. Mezitím trpí dr. Kellerová nedostatkem sebedůvěry, musí si totiž rozšířit znalosti o wraithské fyziologii a je na ni vyvíjen velký nátlak. Rodney ji však pomáhá a snaží se ji povzbudit.
Sledovaná wraithská mateřská loď vystoupí z hyperprostoru nad Atlantis, kde zavedou preventivní obranná opatření. Po zhlédnutí velmi poškozeného video souboru se tým vydává Jumperem na loď, aby to prozkoumal. Zjistí, že je opuštěná a všichni Wraithové jsou ve stázi. Zdá se, že jsou zasaženi nějakou chorobou, kterou částečně způsobila genová terapie Kellerové a zasáhlo to i systémy lodi. Přilétá také tým majora Lorna. Kellerová zjišťuje, že vše šlo podle plánu, ale když byl imunitní systém nejslabší, aktivoval se smrtící virus a nemá představu, jak ho odstranit. Na lodi zatím dochází ke stále větším výkyvům a změnám a rozhodnou se neriskovat a opustit loď, protože navíc probouzí náhodně Wraithy. Při cestě zpět ale zjistí, že se tam vytvořila nová stěna a za ní byla chodba úplně zničena. Rozhodnou se tedy oživit Todda a zjistí, jak se loď nakazila. Chtějí deaktivovat komory, ale když se jim to podaří, už je několik desítek Wraithů volných a mají hlad. Snaží se je zastavit. Mezitím Todd s Kellerovou přijdou na řešení, ale potřebují Iratuského brouka. Todd chce za nimi letět, ale nepovolí mu to a zavřou ho. Bojují nadále se zbývajícími Wraithy, ale loď ztrácí rychle integritu a v polovině se rozlomí. Přední část s týmy padá na planetu. Nemohou zastavit pád a musí využít pomoc Todda, který odpaluje rakety, aby ji trochu stabilizoval, než dopadne do oceánu. Než se vrak potopí, jsou zachráněni a posléze se rozhodou Todda pustit hledat Iratuského brouka.