S05E05: Ghost in the Machine (Duše bez těla)
Sheppardův tým se nachází v jumperu, když najednou přestanou fungovat veškeré systémy. Po příletu na Atlantidu se stejné věci začínají dít i tam, a tak se McKay snaží obnovit zpět energii. Poté zjistí, že Koracen, replikátorský vědec v týmu dr. Weirové, přišel na způsob, jak dosáhnout digitálního ekvivalentu povznesení. Replikátoři by tak mohli existovat jako čistá energie v subprostoru, což jim dovolí volný pohyb po galaxii. Když se John snaží dostat do uzamčené části města, objeví se ve dveřích F.R.A.N. – replikátorská žena vytvořená dr. McKayem v minulém roce. Ta tvrdí, že je Elizabeth Weirová.
Při návratu z planety, kterou chtějí využít jako stanoviště alfa, najednou Sheppard ztrácí schopnost řízení, dojde k přepětí a Jumper narazí do brány. Ta se stabilizuje, ale Jumper je bezmocný a zanedlouho se rozpadne v atmosféře. Podaří se jim ho ale nakonec zprovoznit a bez dalších incidentů se vrací na Atlantis. Tam později Rodney zjistí podobné přepětí v systémech Atlantis a personál si stěžuje na divné chování systémů. Město se pak najednou úplně vypne. Pak se ale systémy zapnou a začne s nimi komunikovat Weirová, ale jsou trochu skeptický, protože si myslí, že je mrtvá. Ta jim řekne, co se od té doby, co ji nechali na Asuras stalo, že ji opravili, přidala se k frakci a zničení jejich planety jim pomohlo více zkoumat povznesení. To ovšem nešlo, protože jsou stroje, ale Koracen prý přišel na nějaké řešení, odpoutat se od nanitů. Fungovalo to, zbavili se nanitů, ale nyní jsou uvězněni v podprostoru. Snažili se integrovat do systémů jiných ras, ale Atlantis je podle ní jediné místo, kde mohou povznesení dosáhnout. Chce přenést vědomí do těla, ale Woolsey to odmítá. Bere ale vše do svých rukou a vytvoří si znovu Fran s jejím vědomím. Tvrdí, že je to ona, ale nemůže to dokázat, protože by ji ostatní našli. To se ale zanedlouho stane a ostatní směřují na Atlantis. Po příchodu nakonec odříznou expedici od města. Weirová to ale nějak urovná, že jim pomůžou a vymyslí plán postavit si lidská těla, aby se mohli potom povznést. To se ale moc nelíbí Koracenovi a dělá si věci po svém.