S04E02: Lifeline (Záchranné lano)
Atlantida je stále ve volném vesmíru, proto se Rodney McKay snaží dokončit hyperprostorový generátor určený pro jumper. Pokud se to podaří, může Sheppard a jeho tým vniknout na domovskou planetu replikátorů, aby ukradli ZPM potřebné pro Atlantidu. To se podaří, všechno je v pořádku, avšak Rodney najde ve zdrojovém kódu replikátorů příkaz, který je nutí útočit na Wraithy. Tým se tedy s pomocí dr. Weirové pokusí kód znovu aktivovat. Poté se Sheppardův tým vrátí jumperem na Atlantidu, kde ihned aktivují ZPM, vyberou vhodnou planetu a Atlantida tak přistane na novém místě.
Rodney se Zelenkou dokončují přípravy v Jumperu a McKay si myslí, že by mohli využít Weirovou, jelikož má v sobě nanity a mohlo by se snáze ukrást ZPM. Ta chce s nimi letět, ale když by ji měli Replikátoři ovládnou, musí deaktivovat její nanity. Před odletem Atlantidě sdělí, že když se nevrátí do 12 hodin, ať skočí k planetě, kterou Zelenka našel. Mezitím Carterová a Dr. Lee se dostávají na Apollo a začínají s jejím plánem najít Atlantis. Jumper se dostává na Asuras, ale nemohou už zpátky. McKay navrhuje použít získané ZPM k pohonu na zpáteční cestu. Pomocí Weirové se jim podaří ukrást jedno ZPM z nehlídané části, ale Rodney zjistí, že příkaz k útoku na Wraithy je nečinný a chce ho aktivovat. Rozprostřou kolem místa s počítačem anti-replikátorské pole a snaží se nahrát kód. Oberoth ovšem zjistí co se děje a za chvíli se adaptují na pole. Sheppard má s nahráním problémy, Replikátoři jsou na cestě a musí se do toho vložit Weirová, která konfrontuje Oberotha a všechny Replikátory zmrazí. Sheppardovi se nakonec podaří nahrát nový příkaz a najdou Weirovou. Musí ji tam ale nechat a opustit planetu. Snaží se nainstalovat ZPM, ale mají problému s Asuřanskou lodí. Najednou se objeví Apollo, které už našlo Atlantis a pomůže jim uniknout. Pro Atlantis nachází novou planetu a snaží se na ni přistát.