S05E15: Remnants (Pozůstatky)
Sheppard je spolu se dvěma botanickými pracovníky na pevnině planety, kam se před rokem a půl přesunula Atlantida. Najednou jej někdo unese a sváže. Když se snaží uniknout, zastaví ho někdo, koho opravdu nečekal a koho sám před dvěma roky zastřelil – Acastus Kolya. Na Atlantidě se mezitím Woolsey setkává s novou členkou expedice – dr. Vanessou Conradovou, která přiletěla na Apollu. Zároveň je Woolsey podroben analýze IOA, zda je pořád způsobilý vést expedici na Atlantidě. McKaye spolu se Zelenkou však čeká další nečekané zjištění – na planetě se nachází i prastará rasa, která potřebuje přežít.
Sheppard je unesen, a když se probere z bezvědomí, zjistí, že je v lese na pevnině nové domovské planety Atlantis. Ruce a nohy má svázané a snaží se osvobodit o ostré skály. Zpátky ve městě se Woolsey setkává v přepravní místnosti s novou členkou expedice, která se představí, jako Dr. Vanessa Conradová, a která dorazila na Apollu. Woolsey jí začne vyprávět o pravidelných společenských aktivitách na Atlantis. Padnou si nějak do oka. Mezitím se Sheppard osvobodí a vrací se ke svému Jumperu, ale zjistí, kdo ho svázal. Je to Kolya, kterého zabil před dvěma roky. Na Atlantis také přichází členka IOA a chtějí odvolat Woolseyho, ale ten se bez boje nechce vzdát. Na Atlantis všechny čeká šokující objev prastaré rasy, která je s nimi na planetě. Ukáže se, že Vannesa je vlastně projevem umělé inteligence této rasy, která se jmenuje Sekkari. Oni hledali vhodnou planetu pro svou populaci, ale selhání způsobilo, že skončili zde na M35–117, která pro ně nebyla vhodná. Pozorovala expedici několik týdnů, aby zjistili, zda jsou důvěryhodní. Požádá pak o pomoc. Současně Sheppard padá do propasti po úniku od mučení Kolyy a má jednu ruku uříznutou. Ten ho ovšem vytáhne a zmatený Sheppard se taky dovídá, že to není Kolya, ale projev umělé inteligence rasy, která tu ztroskotala, a nechtěli mu ublížit, jen chtěli vědět, jak bude v takové situaci reagovat a jestli se jim může věřit. Poté také pomůžou Woolseymu v hodnocení, který zůstává velitelem expedice a nachází pro ně vhodnou planetu.
Paráda, konečně nějaká nová rasa. Mimo Wraithy snad první v Pegasu jinak je to tam samá středověká vesnice s lidmi.