S05E13: Inquisition (Inkvizice)
Sheppardův tým kontaktují představitelé koalice lidí z různých světů. Mají se s nimi setkat na jedné z jejich planet. Brzy po příchodu však zjistí, že nebyli pozváni kvůli koalici, ale mají být postaveni před soud kvůli činům, které spáchali v galaxii Pegasus (existence Michaela, zamoření Hoffanským proteinem). Major Lorne proto cestuje se zástupcem koalice na Atlantidu, aby vše vysvětlil Woolseymu. Ten se nakonec sám vydává na planetu podpořit svůj tým.
Atlantis je pozvána koalicí různých světů na schůzi, kteří chtějí pomoci v boji proti Wraithům a chtějí, aby se k nim Atlantis připojila, protože jsou již v boji proti nim proslulí. Vydává se tam tedy Sheppardův tým. Po příchodu zjistí, že nechtěli, aby se připojili ke koalici, a posílají je na jinou planetu, kde čelí obvinění „zločiny proti galaxii Pegasus“. Po Sheppardovi chtějí vysvětlit věci, jako třeba probuzení Wraithů, zradu Geniů, existenci Michaela, hybridy a Hoffanský mor, který se nedávno přehnal přes galaxii. Sheppard se ale obhajoval tím, co všechno dokázali, jako třeba zničení mnoho jejich lodí, klonovacího zařízení a také odstranění Michaela, i když přiznal, že by mohl být stále naživu. Je vyslán za nimi tým majora Lorna, ale vrací se, že tam nejsou. Woolsey je pošle zpátky, aby prošetřili nedávno zadávané adresy. Nakonec jsou informováni, co se přihodilo a Woolsey se rozhodne, že tam sám zajde to urovnat, protože má zkušenosti. Na planetě přebírá obhajobu. Když mu sdělí, že Geniové mají zájem o koalici, vymyslí plán a dokonce podplácí jednoho soudce. Obhajoba se mu nakonec podaří a dva z nich přesvědčí. Myrus nepřesvědčí, protože její rodina byla zabita Replikátory a je tedy zaujatá.