S04E01: Adrift (Unášeni proudem)
Atlantida se pohybuje volně ve vesmíru kvůli předčasném vystoupení z hyperprostoru. Nikdo neví, ve které části vesmíru se město nachází a ještě do toho je těžce zraněna dr. Weirová. McKay společně se Zelenkou zjistí, že Atlantidě nebezpečně rychle klesá energie, protože paprsek replikátorů poškodil rozvody. ZPM se tedy vybíjí mnohem rychleji a moc dlouho již nevydrží. Rodney je tak nucen vypnout všechny nepotřebné systémy a postupně zmenšovat štít.
Dr. Kellerová usilovně pracuje na oživení Weirové a Rodney se zase snaží zjistit škody a opravit energetická vedení a mezihvězdný pohon. Budou ovšem rádi, když přežijí noc. Štít začíná kolabovat a jeden tým při návratu do hlavní řídící věže to nestihne a všichni zahynou. Mezitím je dokončována přestupní stanice Midway a Carterová je informována plukovníkem Ellisem, že Atlantis na M12–578 vůbec nedorazila. Na Atlantis týmy většinu už opravily a štít byl zredukován jen na hlavní věž. Sheppard je informován, že Weirová je stabilizovaná, ale je ve vážném stavu a má otok mozku, už nikdy nebude, jako dříve. Zanedlouho zjistí, že jsou na kolizním kurzu s pásem asteroidů a město bez štítu by bylo zničeno. Sheppard má ovšem plán a bere všechny s genem ATA do Jumperů, aby si prostříleli cestu. To se jim podaří, ale nějaký malý úlomek přesto poškodil krystaly mezihvězdného pohonu. Zelenka musí se Sheppardem mimo štít vyměnit krystaly a přeskočit prostorem kus města a McKay přes protest Shepparda reaktivuje nanity ve Weirové, jinak by zemřela a ta se probírá. Mezitím Carterová má plán jak najít Atlantis. Použije Apolla, rozšíří jeho senzory a budou provádět skoky po dráze Atlantis a skenovat. Zpátky na Atlantis nakonec rozhodnou, že použijí vylepšený Jumper a pokusí se ukrást ZPM z domovské planety Asuřanů M7R-227.